O SENAI, mesmo sendo uma entidade privada não integrante da Administração Pública, presta contas anuais ao Tribunal de Contas da União, desde o advento da Lei 2.613/55.

Essa fiscalização, que traduz uma das mais efetivas formas de controle, transparência e integridade, foi ratificada pelo parágrafo único art. 70 da CF/88 e pelo art. 5º, V, da Lei 8.443/93 e conta, agora, com o apoio da Controladoria Geral da União.

Além da fiscalização do TCU, as contas dos departamentos do SENAI, na forma de seu Regimento, são submetidas a auditores independentes que emitem seus pareceres.